Die Pfarrgemeinde St. Sebastian in Waldershof verfügt eigentlich über drei Kirchen: Einer spätbarocken Kirche aus dem Jahre 1821 und dem 1968 fertiggestellten Neubau mit dem großen Kirchenraum und der sog. "Werktagskirche" (2. Bild).
Der Bau der Neuen Pfarrkirche wurde 1966 nötig, da die Alte Pfarrkirche die Gläubigen nicht mehr fassen und auf Grund ihrer Lage nicht erweitert werden konnte. Der neue riesige Betonbau wurde als "Zelt Gottes unter den Menschen" konzipiert und bietet etwa 700 Gläubigen Platz. Nach den Richtlinien des Zweiten Vatikanischen Konzils errichtet, kann sich hier die Liturgie entfalten und feierlich zelebriert werden, was an den Hochfesten wie Weihnachten, Ostern, Pfingsten oder dem Patrozinium für die Gottesdienstbesucher immer wieder ein besonderes Ereignis ist. Ein Kirchturm war nicht vorgesehen, da die Alte Pfarrkirche unter Denkmalschutz steht und so ihr Turm weiterhin als Glockenträger benutzt werden konnte. Geweiht wurde die Neue Pfarrkirche am 5. Oktober 1968 durch Bischof Rudolf Graber. Beachtenswert ist der Tabernakel, der als brennender Dornbusch gestaltet wurde.

Ein besonderes Kleinod besitzt Waldershof mit der Alten Pfarrkirche. Der jetzige Bau stammt aus dem Jahre 1821, hatte jedoch zwei Vorgängerbauten, die den großen Stadtbränden zum Opfer fielen. Doch reicht die Geschichte weiter zurück:
1268 wurde eine bereits bestehende Kapelle vom Kloster Waldsassen neu erbaut und 1287 vom Würzburger Konzil ein Ablaß zu dieser Kapelle gewährt.
Von Anfang an waren die Gotteshäuser dem Heiligen Sebastian geweiht und sind somit die ältesten Sebastian-Wallfahrtsstätten der Diözese Regensburg. Die heutige Ausstattung der Kirche stammt aus den Zwanziger Jahren des 20. Jahrhunderts. 1985-88 wurde die nach dem Neubau geschlossene Alte Pfarrkirche von Grund auf renoviert und restauriert und erstrahlt heute wieder in ihrer alten Pracht. 1991 erhielt der Kirchenraum eine neue Orgel von der Firma Weise aus Plattling, im umgebauten alten Gehäuse.
Der knapp 34 m hohe (Wehr-)Turm birgt ein fünfstimmiges Geläut. Heute finden in der Kirche hauptsächlich Hochzeiten, Gottesdienste mit besonderen Anlässen und Andachten statt. Am Palmsonntag beginnt vor der Alten Kirche die Palmprozession zur Neuen Kirche.